下载并解压:

官网要求注册,我已经注册,但是并不能下载,让我有点不爽.最后扫描了一下网站,在这里找到了所有版本的下载地址: https://mfix.netl.doe.gov/download/mfix/此说明文档中我将以mfix-2015.2.tar.gz为例进行说明.其直达下载链接如下:https://mfix.netl.doe.gov/download/mfix/mfix-2015.2.tar.gz解压:tar -zxvf mfix-2015.2.tar.gz解压后得到目录mfix-2015,假设其绝对路径为:/root/Happy/over-school/mfix-build/mfix-2015.2

一点小技巧

打开~/.zshrc(我假设你用的是zsh,如果用的是bash,打开/etc/profile即可),在最末加入如下语句:

MFIX=/root/Happy/over-school/mfix-build/mfix
alias mkmfix=${MFIX}/model/configure_mfix

然后退出并重新打开zsh即可.经过上面的设置,你便可以在任何地方使用mkmfix这个命令来生成makefile了.

安装编译工具

apt-get install gfortran build-essential autoconf gcc g++

编译mfix与postmfix

进入样例目录
命令
```
cd mfix-2015.2/tcd mfix-2015.2/tutorials/fluidBed1
```
该目录下仅有一个mfix.dat,该文件是必须的,用于配置实验模拟数据.

生成makefile
```
mkmfix FC=gfortran FCFLAGS='-g -O2'
```
命令执行成功后将会生成一个Makefile文件

编译mfix
```
time make -j4
```
time是用来测试命令运行的时间,j是jobs的首字母缩写,-j指明并行编译,如果你的电脑是多核, 便可支持多核编译,我这里选择4核编译.
选择并行数推荐为系统核心数目的二倍.
开启四核编译大约用了372.84s,但是开启多核编译有可能导致编译失败.
编译成功后将会在当前目录下生成一个mfix文件.

编译postmfix
```
make postmfix
```
当编译完mfix之后,只需make postmfix即可编译postmfix, 上述命令执行成功后将会在当前目录下生成一个postmfix.

执行
mfix的执行方式有如下几种
- 串行执行(Serial Execution)
mfix运行后将信息输出到控制台上,只需要简单的执行步骤4中编译出来的mfix文件即可.
- 共享内存并发执行(Shared memory parallel)
使用OpenMP(一个跨平台的多线程实现,也就是利用多线程来提高计算效率)所提供的指令来执行mfix, 需需要重新编译,生成makefile并编译的命令如下:
```
  time mkmfix --smp FC=gfortran FCFLAGS='-g -O2' && make -j8
```
在执行mfix的时候可以用环境变量来指定所用的线程数目, 比如执行线程数为4
```
  export OMP_NUM_THREADS=4
```
如果你没有明确指定,那么当你运行mfix之后将会提示你输入线程数目:
```
  Enter the number of threads to be used for SMP: 4
```
- 分布式内存并发执行(Distributed memory parallel)
  较为复杂,此处不做讨论.
mfix执行后的输出文件有如下几种:
- .LOG,标准文本文件,运行时的日志信息.
- .OUT,标准文本文件,回显输入文件的内容以及数字化表示的单元格分布.
- .RES,二进制文件,用于重启.
- .SPx,二进制文件,x代表一个数字,该文件用于暂时存储的模拟数据,用于后续处理.

数据可视化工具安装

安装ParaView和VisIt:

下载: ParaView下载地址(速度巨慢):http://www.paraview.org/download/ VisIt下载地址(速度凑合):https://wci.llnl.gov/simulation/computer-codes/visit/executables 有人制作好了一个镜像网站,地址为:http://fossies.org/linux/misc/,速度还行,可以去搜索下载. 不过你都可以到我的百度网盘下载:http://pan.baidu.com/s/1geh1bMz

安装Visit:

tar -zxvf visit2_10_1.linux-x86_64-ubuntu14.tar.gz -C /opt/

可执行文件为

/opt/visit2_10_1.linux-x86_64/bin/visit

解压后将其添加到unity菜单项:

gvim /usr/share/applications/visit.desktop

添加如下内容:

[Desktop Entry]
Version=1.0
Encoding=UTF-8
Name=VisIt
Exec=/opt/visit2_10_1.linux-x86_64/bin/visit
Type=Application
Icon=/opt/visit2_10_1.linux-x86_64/2.10.1/linux-x86_64/resources/images/VisIt2.png

安装ParaView

tar -zxvf ParaView-5.0.0-Qt4-OpenGL2-MPI-Linux-64bit.tar.gz -C /opt
gvim /usr/share/applications/paraview.desktop

添加如下内容

[Desktop Entry]
Version=1.0
Encoding=UTF-8
Name=ParaView
Exec=/opt/ParaView-5.0.0-Qt4-OpenGL2-MPI-Linux-64bit/bin/paraview
Type=Application
Icon=/opt/ParaView-5.0.0-Qt4-OpenGL2-MPI-Linux-64bit/share/icons/hicolor/96x96/apps/paraview.png

数据提取

运行mfix

这里使用第二种即SMP方式(当然使用第一种方式也无所谓了)运行,我大约用了40分钟.

生成的数据文件如下:

BUB01.LOG
BUB01.OUT
BUB01.RES
BUB01.SP1
BUB01.SP2
BUB01.SP3
BUB01.SP4
BUB01.SP5
BUB01.SP6
BUB01.SP7
BUB01.SP8
BUB01.SP9
BUB01.SPA
BUB01.SPB
EPgErr.log

postmfix提取数据以及使用上述可视化软件查看数据,此处从略,可参看mfix帮助文档中的示例.

自动化处理

现在来回顾一下所做的事情

设计mfix.dat

运行如下脚本,当数据生成后,弹窗显示计算时间并播放声音提示:

#! /bin/bash
#=========================================================================================
#@1.Enable Aliases
shopt -s expand_aliases
source /etc/profile
#@2.Run Time[BEGIN]
#begin time
start=`date +%s`
#@3.Produce Makfile and Compile mfix and postmfix
#@3.1 Serial Mode (uncomment the next line if you use this mode)
#mkmfix FC=gfortran FCFLAGS='-g -O2' && make -j4 && make postmfix
#@3.2 SMP Mode
mkmfix --smp FC=gfortran FCFLAGS='-g -O2' && make -j4 && make postmfix
#@4.run mfix
./mfix
#@5.Run Time[END]
end=`date +%s`
#@6.Calcuate Time Consumed
runtime=$((end-start))
#@7.Message box to notify the user that task is done with playing notifcation sound!
zenity \
--info \
--text="\n\n<span size=\"xx-large\">Time consumed is $runtime s.</span>\n\nGet your <b>Visual Data Now!</b>.\
        \n\nBy Bugnofree 2016.03.18" \
--title="Work is Done!" \
--ok-label="OK" &
paplay /opt/ishell/assets/done.ogg
#=========================================================================================

将上述脚本保存为auto-mfix,放到/opt/ishell/下
修改权限
```
chmod +x auto-mfix
```
然后将/opt/ishell/加入到环境变量(如果你用bash,请操作/etc/profile):
```
gvim ~/.zshrc
export PATH=${PATH}:/opt/ishell
```
这样,我们在任何目录下都可以使用auto-mfix来执行编译生成数据了.

测试数据

打ParaView,File->Open,选择xxx.RES,然后选择 Apply Filters > Alphabetical > Glyph Glyph Type选择为 Sphere, Scalar Mode选择为scalar

安装mfix-gui(简化编码方式)

下载mfix-gui_release-0_1beta.tar.gz,新建文件夹mfix-gui,在该文件夹下解压,解压后你会看到一个mfixgui, 其下有一个python文件startgui.py,使用命令python startgui.py即可启动.

[Desktop Entry]
Version=1.0
Encoding=UTF-8
Name=MFIX-GUI
Exec=python /root/Happy/over-school/mfix-build/mfix-gui/mfixgui/startgui.py
Type=Application
Icon=/root/Happy/over-school/mfix-build/mfix-gui/mfixgui/mfix-gui-icon.png